Clover icon

Coverage Report

  1. Project Clover database Fri Dec 6 2024 13:47:14 GMT
  2. Package jalview.datamodel

File ResidueCountTest.java

 

Code metrics

16
253
14
1
456
342
22
0.09
18.07
14
1.57

Classes

Class Line # Actions
ResidueCountTest 36 253 22
1.0100%
 

Contributing tests

This file is covered by 13 tests. .

Source view

1    /*
2    * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3    * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4    *
5    * This file is part of Jalview.
6    *
7    * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8    * modify it under the terms of the GNU General Public License
9    * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10    * of the License, or (at your option) any later version.
11    *
12    * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
13    * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
14    * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
15    * PURPOSE. See the GNU General Public License for more details.
16    *
17    * You should have received a copy of the GNU General Public License
18    * along with Jalview. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19    * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20    */
21    package jalview.datamodel;
22   
23    import java.util.Locale;
24   
25    import static org.testng.Assert.assertEquals;
26    import static org.testng.Assert.assertFalse;
27    import static org.testng.Assert.assertTrue;
28   
29    import jalview.datamodel.ResidueCount.SymbolCounts;
30    import jalview.gui.JvOptionPane;
31   
32    import org.junit.Assert;
33    import org.testng.annotations.BeforeClass;
34    import org.testng.annotations.Test;
35   
 
36    public class ResidueCountTest
37    {
38   
 
39  1 toggle @BeforeClass(alwaysRun = true)
40    public void setUpJvOptionPane()
41    {
42  1 JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
43  1 JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
44    }
45   
46    /**
47    * Test a mix of add and put for nucleotide counting
48    */
 
49  1 toggle @Test(groups = "Functional")
50    public void test_countNucleotide()
51    {
52  1 ResidueCount rc = new ResidueCount(true);
53  1 assertEquals(rc.getCount('A'), 0);
54  1 assertEquals(rc.getGapCount(), 0);
55    // add then add
56  1 assertEquals(rc.add('A'), 1);
57  1 assertEquals(rc.add('a'), 2);
58    // put then add
59  1 rc.put('g', 3);
60  1 assertEquals(rc.add('G'), 4);
61    // add then put
62  1 assertEquals(rc.add('c'), 1);
63  1 rc.put('C', 4);
64  1 assertEquals(rc.add('N'), 1);
65   
66  1 assertEquals(rc.getCount('a'), 2);
67  1 assertEquals(rc.getCount('A'), 2);
68  1 assertEquals(rc.getCount('G'), 4);
69  1 assertEquals(rc.getCount('c'), 4);
70  1 assertEquals(rc.getCount('T'), 0); // never seen
71  1 assertEquals(rc.getCount('N'), 1);
72  1 assertEquals(rc.getCount('?'), 0);
73  1 assertEquals(rc.getCount('-'), 0);
74   
75  1 assertFalse(rc.isCountingInts());
76  1 assertFalse(rc.isUsingOtherData());
77    }
78   
79    /**
80    * Test adding to gap count (either using addGap or add)
81    */
 
82  1 toggle @Test(groups = "Functional")
83    public void testAddGap()
84    {
85  1 ResidueCount rc = new ResidueCount(true);
86  1 rc.addGap();
87  1 rc.add('-');
88  1 rc.add('.');
89  1 rc.add(' ');
90   
91  1 assertEquals(rc.getGapCount(), 4);
92  1 assertEquals(rc.getCount(' '), 4);
93  1 assertEquals(rc.getCount('-'), 4);
94  1 assertEquals(rc.getCount('.'), 4);
95  1 assertFalse(rc.isUsingOtherData());
96  1 assertFalse(rc.isCountingInts());
97   
98  1 rc.set(ResidueCount.GAP_COUNT, Short.MAX_VALUE - 2);
99  1 assertEquals(rc.getGapCount(), Short.MAX_VALUE - 2);
100  1 assertFalse(rc.isCountingInts());
101  1 rc.addGap();
102  1 assertEquals(rc.getGapCount(), Short.MAX_VALUE - 1);
103  1 assertFalse(rc.isCountingInts());
104  1 rc.addGap();
105  1 assertEquals(rc.getGapCount(), Short.MAX_VALUE);
106  1 rc.addGap();
107  1 assertTrue(rc.isCountingInts());
108  1 assertEquals(rc.getGapCount(), Short.MAX_VALUE + 1);
109    }
110   
 
111  1 toggle @Test(groups = "Functional")
112    public void testOverflow()
113    {
114    /*
115    * overflow from add
116    */
117  1 ResidueCount rc = new ResidueCount(true);
118  1 rc.addGap();
119  1 rc.put('A', Short.MAX_VALUE - 1);
120  1 assertFalse(rc.isCountingInts());
121  1 rc.add('A');
122  1 assertFalse(rc.isCountingInts());
123  1 rc.add('A');
124  1 assertTrue(rc.isCountingInts());
125  1 assertEquals(rc.getCount('a'), Short.MAX_VALUE + 1);
126  1 rc.add('A');
127  1 assertTrue(rc.isCountingInts());
128  1 assertEquals(rc.getCount('a'), Short.MAX_VALUE + 2);
129  1 assertEquals(rc.getGapCount(), 1);
130  1 rc.addGap();
131  1 assertEquals(rc.getGapCount(), 2);
132   
133    /*
134    * overflow from put
135    */
136  1 rc = new ResidueCount(true);
137  1 rc.put('G', Short.MAX_VALUE + 1);
138  1 assertTrue(rc.isCountingInts());
139  1 assertEquals(rc.getCount('g'), Short.MAX_VALUE + 1);
140  1 rc.put('G', 1);
141  1 assertTrue(rc.isCountingInts());
142  1 assertEquals(rc.getCount('g'), 1);
143   
144    /*
145    * underflow from put
146    */
147  1 rc = new ResidueCount(true);
148  1 rc.put('G', Short.MIN_VALUE - 1);
149  1 assertTrue(rc.isCountingInts());
150  1 assertEquals(rc.getCount('g'), Short.MIN_VALUE - 1);
151    }
152   
153    /**
154    * Test a mix of add and put for peptide counting
155    */
 
156  1 toggle @Test(groups = "Functional")
157    public void test_countPeptide()
158    {
159  1 ResidueCount rc = new ResidueCount(false);
160  1 rc.put('q', 4);
161  1 rc.add('Q');
162  1 rc.add('X');
163  1 rc.add('x');
164  1 rc.add('W');
165  1 rc.put('w', 7);
166  1 rc.put('m', 12);
167  1 rc.put('M', 13);
168   
169  1 assertEquals(rc.getCount('q'), 5);
170  1 assertEquals(rc.getCount('X'), 2);
171  1 assertEquals(rc.getCount('W'), 7);
172  1 assertEquals(rc.getCount('m'), 13);
173  1 assertEquals(rc.getCount('G'), 0);
174  1 assertEquals(rc.getCount('-'), 0);
175   
176  1 assertFalse(rc.isCountingInts());
177  1 assertFalse(rc.isUsingOtherData());
178    }
179   
 
180  1 toggle @Test(groups = "Functional")
181    public void test_unexpectedPeptide()
182    {
183  1 ResidueCount rc = new ResidueCount(false);
184    // expected characters (upper or lower case):
185  1 String aas = "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWXY";
186  1 String lower = aas.toLowerCase(Locale.ROOT);
187  22 for (int i = 0; i < aas.length(); i++)
188    {
189  21 rc.put(aas.charAt(i), i);
190  21 rc.add(lower.charAt(i));
191    }
192  22 for (int i = 0; i < aas.length(); i++)
193    {
194  21 assertEquals(rc.getCount(aas.charAt(i)), i + 1);
195    }
196  1 assertFalse(rc.isUsingOtherData());
197   
198  1 rc.put('J', 4);
199  1 assertTrue(rc.isUsingOtherData());
200  1 assertEquals(rc.getCount('J'), 4);
201  1 rc.add('j');
202  1 assertEquals(rc.getCount('J'), 5);
203    }
204   
 
205  1 toggle @Test(groups = "Functional")
206    public void test_unexpectedNucleotide()
207    {
208  1 ResidueCount rc = new ResidueCount(true);
209    // expected characters (upper or lower case):
210  1 String nucs = "ACGTUN";
211  1 String lower = nucs.toLowerCase(Locale.ROOT);
212  7 for (int i = 0; i < nucs.length(); i++)
213    {
214  6 rc.put(nucs.charAt(i), i);
215  6 rc.add(lower.charAt(i));
216    }
217  7 for (int i = 0; i < nucs.length(); i++)
218    {
219  6 assertEquals(rc.getCount(nucs.charAt(i)), i + 1);
220    }
221  1 assertFalse(rc.isUsingOtherData());
222   
223  1 rc.add('J');
224  1 assertTrue(rc.isUsingOtherData());
225    }
226   
 
227  1 toggle @Test(groups = "Functional")
228    public void testGetModalCount()
229    {
230  1 ResidueCount rc = new ResidueCount(true);
231  1 rc.add('c');
232  1 rc.add('g');
233  1 rc.add('c');
234  1 assertEquals(rc.getModalCount(), 2);
235   
236    // modal count is in the 'short overflow' counts
237  1 rc = new ResidueCount();
238  1 rc.add('c');
239  1 rc.put('g', Short.MAX_VALUE);
240  1 rc.add('G');
241  1 assertEquals(rc.getModalCount(), Short.MAX_VALUE + 1);
242   
243    // modal count is in the 'other data' counts
244  1 rc = new ResidueCount(false);
245  1 rc.add('Q');
246  1 rc.add('{');
247  1 rc.add('{');
248  1 assertEquals(rc.getModalCount(), 2);
249   
250    // verify modal count excludes gap
251  1 rc = new ResidueCount();
252  1 rc.add('Q');
253  1 rc.add('P');
254  1 rc.add('Q');
255  1 rc.addGap();
256  1 rc.addGap();
257  1 rc.addGap();
258  1 assertEquals(rc.getModalCount(), 2);
259    }
260   
 
261  1 toggle @Test(groups = "Functional")
262    public void testGetResiduesForCount()
263    {
264  1 ResidueCount rc = new ResidueCount(true);
265  1 rc.add('c');
266  1 rc.add('g');
267  1 rc.add('c');
268  1 assertEquals(rc.getResiduesForCount(2), "C");
269  1 assertEquals(rc.getResiduesForCount(1), "G");
270  1 assertEquals(rc.getResiduesForCount(3), "");
271  1 assertEquals(rc.getResiduesForCount(0), "");
272  1 assertEquals(rc.getResiduesForCount(-1), "");
273   
274    // modal count is in the 'short overflow' counts
275  1 rc = new ResidueCount(true);
276  1 rc.add('c');
277  1 rc.put('g', Short.MAX_VALUE);
278  1 rc.add('G');
279  1 assertEquals(rc.getResiduesForCount(Short.MAX_VALUE + 1), "G");
280  1 assertEquals(rc.getResiduesForCount(1), "C");
281   
282    // peptide modal count is in the 'short overflow' counts
283  1 rc = new ResidueCount(false);
284  1 rc.add('c');
285  1 rc.put('p', Short.MAX_VALUE);
286  1 rc.add('P');
287  1 assertEquals(rc.getResiduesForCount(Short.MAX_VALUE + 1), "P");
288  1 assertEquals(rc.getResiduesForCount(1), "C");
289   
290    // modal count is in the 'other data' counts
291  1 rc = new ResidueCount();
292  1 rc.add('Q');
293  1 rc.add('{');
294  1 rc.add('{');
295  1 assertEquals(rc.getResiduesForCount(1), "Q");
296  1 assertEquals(rc.getResiduesForCount(2), "{");
297   
298    // residues share modal count
299  1 rc = new ResidueCount();
300  1 rc.add('G');
301  1 rc.add('G');
302  1 rc.add('c');
303  1 rc.add('C');
304  1 rc.add('U');
305  1 assertEquals(rc.getResiduesForCount(1), "U");
306  1 assertEquals(rc.getResiduesForCount(2), "CG");
307   
308    // expected and unexpected symbols share modal count
309  1 rc = new ResidueCount();
310  1 rc.add('G');
311  1 rc.add('t');
312  1 rc.add('[');
313  1 rc.add('[');
314  1 rc.add('t');
315  1 rc.add('G');
316  1 rc.add('c');
317  1 rc.add('C');
318  1 rc.add('U');
319  1 assertEquals(rc.getResiduesForCount(1), "U");
320  1 assertEquals(rc.getResiduesForCount(2), "CGT[");
321    }
322   
 
323  1 toggle @Test(groups = "Functional")
324    public void testGetSymbolCounts_nucleotide()
325    {
326  1 ResidueCount rc = new ResidueCount(true);
327  1 rc.add('g');
328  1 rc.add('c');
329  1 rc.add('G');
330  1 rc.add('J'); // 'otherData'
331  1 rc.add('g');
332  1 rc.add('N');
333  1 rc.put('[', 0); // 'otherdata'
334   
335  1 SymbolCounts sc = rc.getSymbolCounts();
336  1 Assert.assertArrayEquals(new char[] { 'C', 'G', 'N', 'J', '[' },
337    sc.symbols);
338  1 Assert.assertArrayEquals(new int[] { 1, 3, 1, 1, 0 }, sc.values);
339   
340    // now with overflow to int counts
341  1 rc.put('U', Short.MAX_VALUE);
342  1 rc.add('u');
343  1 sc = rc.getSymbolCounts();
344  1 Assert.assertArrayEquals(new char[] { 'C', 'G', 'N', 'U', 'J', '[' },
345    sc.symbols);
346  1 Assert.assertArrayEquals(new int[] { 1, 3, 1, 32768, 1, 0 }, sc.values);
347    }
348   
 
349  1 toggle @Test(groups = "Functional")
350    public void testGetSymbolCounts_peptide()
351    {
352  1 ResidueCount rc = new ResidueCount(false);
353  1 rc.add('W');
354  1 rc.add('q');
355  1 rc.add('W');
356  1 rc.add('Z'); // 'otherData'
357  1 rc.add('w');
358  1 rc.add('L');
359   
360  1 SymbolCounts sc = rc.getSymbolCounts();
361  1 Assert.assertArrayEquals(new char[] { 'L', 'Q', 'W', 'Z' }, sc.symbols);
362  1 Assert.assertArrayEquals(new int[] { 1, 1, 3, 1 }, sc.values);
363   
364    // now with overflow to int counts
365  1 rc.put('W', Short.MAX_VALUE);
366  1 rc.add('W');
367  1 sc = rc.getSymbolCounts();
368  1 Assert.assertArrayEquals(new char[] { 'L', 'Q', 'W', 'Z' }, sc.symbols);
369  1 Assert.assertArrayEquals(new int[] { 1, 1, 32768, 1 }, sc.values);
370    }
371   
 
372  1 toggle @Test(groups = "Functional")
373    public void testToString()
374    {
375  1 ResidueCount rc = new ResidueCount();
376  1 rc.add('q');
377  1 rc.add('c');
378  1 rc.add('Q');
379  1 assertEquals(rc.toString(), "[ C:1 Q:2 ]");
380   
381    // add 'other data'
382  1 rc.add('{');
383  1 assertEquals(rc.toString(), "[ C:1 Q:2 {:1 ]");
384   
385    // switch from short to int counting:
386  1 rc.put('G', Short.MAX_VALUE);
387  1 rc.add('g');
388  1 assertEquals(rc.toString(), "[ C:1 G:32768 Q:2 {:1 ]");
389    }
390   
 
391  1 toggle @Test(groups = "Functional")
392    public void testGetTooltip()
393    {
394  1 ResidueCount rc = new ResidueCount();
395   
396    // no counts!
397  1 assertEquals(rc.getTooltip(20, 1), "");
398   
399    /*
400    * count 7 C, 6 K, 7 Q, 10 P, 9 W, 1 F (total 40)
401    */
402  8 for (int i = 0; i < 7; i++)
403    {
404  7 rc.add('c');
405  7 rc.add('q');
406    }
407  11 for (int i = 0; i < 10; i++)
408    {
409  10 rc.add('p');
410    }
411  10 for (int i = 0; i < 9; i++)
412    {
413  9 rc.add('W');
414    }
415  7 for (int i = 0; i < 6; i++)
416    {
417  6 rc.add('K');
418    }
419  1 rc.add('F');
420   
421    /*
422    * percentages are rounded (0.5 rounded up)
423    * 10/40 9/40 7/40 6/40 1/40
424    */
425  1 assertEquals(rc.getTooltip(40, 0),
426    "P 25%; W 23%; C 18%; Q 18%; K 15%; F 3%");
427   
428  1 rc.add('Q');
429    /*
430    * 10/30 9/30 8/30 7/30 6/30 1/30
431    */
432  1 assertEquals(rc.getTooltip(30, 1),
433    "P 33.3%; W 30.0%; Q 26.7%; C 23.3%; K 20.0%; F 3.3%");
434    }
435   
 
436  1 toggle @Test(groups = "Functional")
437    public void testPut()
438    {
439  1 ResidueCount rc = new ResidueCount();
440  1 rc.put('q', 3);
441  1 assertEquals(rc.getCount('Q'), 3);
442  1 rc.put(' ', 4);
443  1 assertEquals(rc.getGapCount(), 4);
444  1 rc.put('.', 5);
445  1 assertEquals(rc.getGapCount(), 5);
446  1 rc.put('-', 6);
447  1 assertEquals(rc.getGapCount(), 6);
448   
449  1 rc.put('?', 5);
450  1 assertEquals(rc.getCount('?'), 5);
451  1 rc.put('?', 6);
452  1 rc.put('!', 7);
453  1 assertEquals(rc.getCount('?'), 6);
454  1 assertEquals(rc.getCount('!'), 7);
455    }
456    }
  • Report generated by OpenClover v 4.4.1 on Fri Dec 6 2024 13:54:25 GMT using coverage data from Fri Dec 6 2024 13:54:13 GMT.
  • OpenClover is free and open-source software.