Original sequence align:
------ktryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa----slchvh
Reconstructed window from 8 to 48
XXXXXXXXryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa----slc...
Cigar String:4M3I11M4I12M4I3M
ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa----slc
40,40 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa----sl
37,38 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa---l
34,36 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwal
31,34 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipq
28,32 :ryas---dtqwrtsasll----dddpty
25,30 :ryas---dtqwrtsasll----ddd
22,28 :ryas---dtqwrtsasll----
19,26 :ryas---dtqwrtsasll-
16,24 :ryas---dtqwrtsas
13,22 :ryas---dtqwrt
39,39 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa----sc
36,37 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa--sc
33,35 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwsc
30,33 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipc
27,31 :ryas---dtqwrtsasll----dddpt
24,29 :ryas---dtqwrtsasll----dd
21,27 :ryas---dtqwrtsasll---
18,25 :ryas---dtqwrtsasll
15,23 :ryas---dtqwrtsa
12,21 :ryas---dtqwr
38,38 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa----lc
35,36 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa--lc
32,34 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqq-lc
29,32 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyilc
26,30 :ryas---dtqwrtsasll----dddp
23,28 :ryas---dtqwrtsasll----d
20,26 :ryas---dtqwrtsasll--
17,24 :ryas---dtqwrtsasl
14,22 :ryas---dtqwrts
11,20 :ryas---dtqw
37,37 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa---slc
34,35 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa-slc
31,33 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipq-slc
28,31 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyslc
25,29 :ryas---dtqwrtsasll----dddc
22,27 :ryas---dtqwrtsasll----
19,25 :ryas---dtqwrtsasll-
16,23 :ryas---dtqwrtsas
13,21 :ryas---dtqwrt
10,19 :ryas---dtq
36,36 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa---slc
33,34 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqw--slc
30,32 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyip--slc
27,30 :ryas---dtqwrtsasll----dddpt-slc
24,28 :ryas---dtqwrtsasll----ddlc
21,26 :ryas---dtqwrtsasll---
18,24 :ryas---dtqwrtsasll
15,22 :ryas---dtqwrtsa
12,20 :ryas---dtqwr
9,18 :ryas---dt
35,35 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa---slc
32,33 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqq---slc
29,31 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyi---slc
26,29 :ryas---dtqwrtsasll----dddp--slc
23,27 :ryas---dtqwrtsasll----dslc
20,25 :ryas---dtqwrtsasll--
17,23 :ryas---dtqwrtsasl
14,21 :ryas---dtqwrts
11,19 :ryas---dtqw
8,17 :ryas---d
34,34 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa---slc
31,32 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqa---slc
28,30 :ryas---dtqwrtsasll----dddptya---slc
25,28 :ryas---dtqwrtsasll----ddd---slc
22,26 :ryas---dtqwrtsasll-----slc
19,24 :ryas---dtqwrtsasll-c
16,22 :ryas---dtqwrtsas
13,20 :ryas---dtqwrt
10,18 :ryas---dtq
7,16 :ryas---
33,33 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqw----slc
30,31 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipw----slc
27,29 :ryas---dtqwrtsasll----dddptw----slc
24,27 :ryas---dtqwrtsasll----dd----slc
21,25 :ryas---dtqwrtsasll-----slc
18,23 :ryas---dtqwrtsaslllc
15,21 :ryas---dtqwrtsa
12,19 :ryas---dtqwr
9,17 :ryas---dt
6,15 :ryas--
32,32 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqa----slc
29,30 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyiqa----slc
26,28 :ryas---dtqwrtsasll----dddpqa----slc
23,26 :ryas---dtqwrtsasll----da----slc
20,24 :ryas---dtqwrtsasll-----slc
17,22 :ryas---dtqwrtsaslslc
14,20 :ryas---dtqwrts
11,18 :ryas---dtqw
8,16 :ryas---d
5,14 :ryas-
31,31 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqwa----slc
28,29 :ryas---dtqwrtsasll----dddptyqwa----slc
25,27 :ryas---dtqwrtsasll----dddqwa----slc
22,25 :ryas---dtqwrtsasll----wa----slc
19,23 :ryas---dtqwrtsasll-----slc
16,21 :ryas---dtqwrtsas-slc
13,19 :ryas---dtqwrt
10,17 :ryas---dtq
7,15 :ryas---
4,13 :ryas
MySeq 39 80 asdfktryasdtqwrtsaslldddptyipqqwaslchvhttt
MySeq 45 74 ryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa----slc
MySeq 39 80 ----asdf------ktryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa----slchvhttt
Gapped.
MySeq 39 80 asdfktryasdtqwrtsaslldddptyipqqwaslchvhttt
MySeq 45 74 ryas---dtqwrtsasll----------dddptyipqqwa----slc
MySeq 39 80 ----asdf------ktryas---------dtqwrtsasll----dddptyipqqwa----slchvhttt